Заради успешно организирање и изведување на наставната, научно-истражувачката и апликативната дејност во Факултетот постојат следниве организациски единици:
- Катедра за теоретски основи на информатиката и пресметковно инженерство,
- Катедра за софтверско инженерство,
- Катедра за комуникациски технологии,
- Катедра за информациски системи,
- Катедра за интелигентни системи
- Центар за трансфер на технологии
Во Факултетот се вработени 3 редовни професори, 5 вонредни професори, 12 доценти и еден виш лектор распределени по организациските единици.